Новые лекарственные препараты будут испытывать с помощью математической модели живой клетки. Хроника событий, аргументы в пользу и против прогноза
14 мая 2018 - Ученые показали как выглядит стволовая клетка в 3D. Для того, чтобы увидеть как можно большей деталей, программа сделана так, чтобы клетки светились. После того, как ученым удалось сделать тысячи фотографий светящихся клеток, их загрузили в нейросеть, которая, через какое-то время, научились предсказывать форму и расположение структур в любой ячейке, а не только в той, которую она уже видела. Если мы лучше будем понимать внутреннюю работу здоровой клетки, то сможем понять, что происходит, когда она превращается, например, в раковую. «Это может помочь нам откатиться назад во времени, чтобы посмотреть на раковую клетку в разное время, чтобы наблюдать за изменениями, которые происходят, и обнаружить их как можно раньше в других случаях», — сказал Грег Джонсон, ученый из Института Аллена. Институт уже долгое время занимается исследованиями в этом направлении, но это первый публичный релиз специальной программы для изучения клеток. Она ориентирована именно на стволовые клетки, а также способна вести записи десятков типов клеток. https://m.hightech.fm/2018/05/13/3d-cells
25 декабря 2017 - Молекулярные биологи из Йеля с помощью компьютерного моделирования создали сверхэффективный препарат, который подавляет работу фермента, помогающему ВИЧ встраивать себя в ДНК клетки, и защитили при его помощи мышей от инфекции, говорится в статье, опубликованной в журнале PNAS. Ученые проводили большую часть экспериментов не на реальных образцах клеток и вирусов, а на их виртуальных аналогах. Используя компьютерные модели различных версий обратной транскриптазы, ученые изучали то, как взаимодействуют с ним различные вещества и лекарства, уже известные науке, и отобрали из них самые эффективные. Открыв несколько десятков таких молекул, способных подавлять работу этого фермента, ученые попытались улучшить их работу, меняя структуру их ключевых элементов, соединяющихся с обратной транскриптазой. Плодом этих усилий стало открытие молекулы, получившей имя "вещество-1", взаимодействующей с вирусом примерно в 2,5 тысячи раз более активно, чем ее прародитель. Добившись подобного результата, ученые синтезировали ее реальный аналог и проверили его работу на культурах иммунных клеток, зараженных ВИЧ, в комбинации с другими антиретровирусными препаратами или в составе особых наночастиц, которые постепенно выделяли "вещество-1" в окружающую среду.
